離子阱質(zhì)譜儀是分離和檢測不同同位素的儀器。儀器的主要裝置放在真空中。將物質(zhì)氣化、電離成離子束，經(jīng)電壓加速和聚焦，然后通過磁場電場區(qū)，不同質(zhì)量的離子受到磁場電場的偏轉(zhuǎn)不同，聚焦在不同的位置，從而獲得不同同位素的質(zhì)量譜。
離子阱質(zhì)譜儀的功能簡介：
1、可升級的電子轉(zhuǎn)移裂解模塊可以提供傳統(tǒng)裂解方法無法得到的蛋白質(zhì)翻譯后修飾信息；
2、脈沖碰撞能量誘導(dǎo)解離功能可以提供低質(zhì)量端碎片離子信息；
3、高選擇MS/MS分析給譜圖在數(shù)據(jù)庫和譜庫檢索更好的匹配，提高了結(jié)構(gòu)確證的可靠性。另外快速極性切換，母離子相關(guān)MS3數(shù)據(jù)關(guān)聯(lián)掃描，可以對翻譯后修飾和代謝物組成的鑒定進(jìn)行智能、快速分析，還可以和回旋共振質(zhì)譜組合成的多級高分辨雜交質(zhì)譜儀；
4、自動數(shù)據(jù)依賴性多級質(zhì)譜采集技術(shù)不僅為用戶提供預(yù)測代謝物結(jié)構(gòu)信息，也能提供未預(yù)測到的代謝物結(jié)構(gòu)信息。此外使用自動固定中性丟失數(shù)據(jù)依賴性掃描觸發(fā)三級質(zhì)譜掃描能檢測某一類的代謝物。使用分析軟件增強(qiáng)復(fù)雜基質(zhì)中代謝物篩選和鑒別功能，使譜圖解析更簡便。
離子阱質(zhì)譜儀的優(yōu)點(diǎn)：
1、結(jié)構(gòu)簡單，體積小，容易抽真空，所以便攜式質(zhì)譜會采用離子阱。
2、由于離子阱可以將某個離子限制在阱里面做軌道運(yùn)動，所以可以對這個離子做二次碎裂（一般做法是加入氦氣，讓氦氣分子和離子進(jìn)行碰撞碎裂），對二次碎裂后產(chǎn)生的碎片離子再進(jìn)行碎裂，產(chǎn)生三級碎片，這個叫做多級質(zhì)譜。
離子阱比較容易實(shí)現(xiàn)多級質(zhì)譜，所以對某個特點(diǎn)物質(zhì)的定性，多級質(zhì)譜是個很有用的工具。
當(dāng)然多級質(zhì)譜也有很多局限，很多化合物在阱里面不一定能被二次碎裂，即打不碎，而且離子阱碎片有三分之一效應(yīng)，即質(zhì)荷比是母離子1/3以下的碎片都觀察不到，對定性結(jié)論造成不確定性，所以多級質(zhì)譜存在打不碎或者看不到的問題。
多級質(zhì)譜適合對某一個或者幾個化合物的分子進(jìn)行定性研究，要對上百種VOC化合物進(jìn)行多級質(zhì)譜顯然很不現(xiàn)實(shí)。
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